أنشئ قسم الأحياء في العام الجامعي 2000 - 2001 م، وهو من أقسام كلية العلوم ويهدف إلى مواكبة التطور العلمي وإعداد وتخريج كوادر علمية وبحاث مؤهلين في علوم الأحياء، وذلك للمساهمة في نمو وتطور المجتمع وتخريج بحاث في الجانب العلمي. يحتوي القسم على شعبتين هما شعبة علم النبات وشعبة علم الحيوان، وللقسم معملين لإنجاز الجانب العملي، معمل خاص بشعبة علم النبات ومعمل خاص بشعبة علم الحيوان. في السابق كانت الدراسة بهذا القسم تتبع نظام السنة حتى سنة 2004 - 2005 م، ثم بدأت الدراسة بهذا القسم بنظام الفصل حيث كانت هذه الكلية فرعاً من كلية الآداب والعلوم الخمس، ومن سنة 2010 م قد تم اعتمادها ككلية مستقلة.

وبشكل عام فإن القسم يكرس الإمكانيات للحفاظ على أعلى مستوى علمي حيث يقوم القسم بتوفير برنامج دراسي وبحثي واسع ضمن تخصص علم الأحياء وذلك لتوفير الفرص العلمية لطلبته العازمين بجد للحصول على درجة البكالوريوس منه. هذا بالإضافة لإنجاز العديد من البحوث العلمية في مختلف حقول علم الأحياء. الأهداف العامة للقسم تخريج كوادر مؤهلة في مجال علوم الأحياء لسد النقص في العناصر المؤهلة للمساهمة في الدفع بعجلة التنمية للأمام وبناء ليبيا الجديدة.